1938年12月5日，根据琼崖国共两党谈判达成的协议，中共琼崖特委在琼山县云龙墟举行琼崖工农红军改编和抗日誓师大会，正式将“琼崖工农红军游击队”改编为“广东民众抗日自卫团第十四区独立队”，简称“琼崖抗日独立队”。琼崖抗日独立队共有300多人，冯白驹为独立队队长，马白山、刘振汉（国民党委派）为队附，张兴为政训室主任，黎民为政训员。独立队下辖三个中队，根据协议中共作了一些妥协，从独立队到中队，允许国民党方面委派一名副职。由于抗战艰苦，不久也相继撤回。第一中队长黄大猷，队附符荣鼎（中共地下党员，国民党派任），司书陈克邱；第二中队长黄天辅，队附陈卓（国民党派任），司书林豪；第三中队长张瓒薪（后为吴克之），队附吴定中（国民党派任），司书莫逊。为了保持和加强党对部队的领导，独立队内部规定，队部司书和中队文书负责党的组织工作和政治工作。改编后，独立队队部和第二中队驻云龙墟，第一中队驻儒来村，第三中队驻多能村。

1939年2月日军侵琼后，独立队队伍迅速扩大，3月扩编为广东省琼崖抗日游击队独立总队，简称“琼崖抗日独立总队”。琼崖抗日独立总队下辖3个大队，冯白驹为总队长，马白山、符振中为总队附。8月，改称为广东省琼崖民众抗日游击队第一总队，下属3个大队和1个特务大队。1940年春，独立总队扩编，下属5个大队和1个特务大队。1940年9月，成立第一支队（支队长吴克之，政委陈乃石，副支队长林伯熙，政治处主任陈石）、第二支队（支队长马白山，政委符哥洛，政治处主任莫逊），还成立了直属特务大队和第四大队。1940年冬，独立总队达3000余人。1941年春，成立第三支队（支队长兼政委张开泰）。1942年3月及1943年夏，相继成立了第四支队（支队长兼政委马白山）、第五支队（支队长兼政委陈石，不久撤销）。总队设有中共委员会，大队设有中共总支，中队设有中共支部，小队设有中共小组。“支部建在连队上”这一光荣传统在独立总队得到发扬光大。部队实行官兵一致、军民一致的原则。独立总队部举办随营军政训练班，轮训部队的基层骨干。训练内容分军事、政治两大项。军事训练内容分队列训练、技术训练和战术训练三部分。政治训练的主要内容是学习毛泽东的《论持久战》等著作、中共抗日方针政策和八路军、新四军的政治工作经验。

1944年秋，日军对全琼各地的“蚕食”“扫荡”被粉碎后，独立总队进一步发展壮大，为适应抗日斗争新形势要求，根据中共中央指示，琼崖特委决定将“广东省琼崖抗日独立总队”改编为“广东省琼崖抗日游击队独立纵队”，简称“琼崖抗日独立纵队”。琼崖抗日独立纵队下设4个支队，共5000余人。第一支队长吴克之，政委林豪，副支队长陈武英，参谋长郑章，政治处主任黄一峰，下辖2个大队1000多人；第二支队长符振中，政委符荣鼎，副支队长云涌，参谋长陆和，政治处主任符树义，下辖3个大队800多人；第三支队长符哥洛，政委莫逊，副支队长林和平，参谋长符中权，政治处主任祝菊芬，下辖3个大队1000人；第四支队长马白山，政委陈青山，副支队长陈求光，参谋长谢凤池，政治处主任江田，下辖3个大队1000多人。

琼崖抗日独立纵队成立后，进一步加强军事、政治和后勤机关的建设，明确中心任务是建立白沙抗日根据地，发动全琼的抗日斗争。并作出部署：第四支队驻儋白地区，以主要兵力巩固白沙阜龙地区，逐步向白沙腹地发展，同时分兵儋县展开反顽斗争，策应建立白沙抗日根据地。第二支队在昌感崖乐边界地区开展活动，逐步向白沙发展，支援第四支队在白沙的斗争；配合部队进军五指山，创建白沙抗日根据地。第一支队主要巩固琼（山）、澄（迈）、临（高）根据地，同时少数部队在琼文根据地坚持斗争。第三支队从万宁向陵保崖地区推进，支援白沙抗日根据地的创建。至抗日胜利，琼崖抗日独立纵队发展到5个支队7700余人。